När den onde trollkarlen Gargamel jagar de små blå smurferna ut ur sin by, tumlar de från sin magiska värld in i New York City.

År innan han träffade Shrek och Åsnan måste den älskvärde men listige Mössan i stövlar rensa sitt namn från alla anklagelser som gör honom till en eftersökt fredlös. Medan han försöker stjäla magiska bönor från de ökända brottslingarna Jack och Jill, korsar hjälten vägen med sin kvinnliga motpart, Kitty Mjukpäls, som leder Mössan till hans gamla vän, men nu fiende, Humpty Dumpty. Minnen av vänskap och svek ökar Mössans tvivel, men han går till slut med på att hjälpa ägget att få tag i de magiska bönorna. Tillsammans planerar de tre att stjäla bönorna, ta sig till jättens slott, sno den gyllene gåsen och rensa Mössans namn.