Tecknadsstjärnan Roger är orolig för att hans fru Jessica leker "bakom ljuset" med någon annan, så studion anlitar detektiven Eddie Valiant för att spionera på henne. Men insatserna höjs snabbt när Marvin Acme hittas död och Roger är huvudmisstänkt. Banbrytande interaktion mellan de levande och animerade karaktärerna, och massor av referenser till klassisk animation.

Cody, en pojke från Mugwomp Flats, svarar på ett nödanrop om en fångad jättelik kungsörn som heter Marahute. Genom att befria henne får han ett nära vänskap med fågeln. Men Cody blir snart kidnappad av den mordiska tjuvjägaren Percival McLeach, som är ute efter fågeln som tillhör en högt utrotningshotad art och därför är ett extremt lönsamt byte. I panik skickar en mus som Cody befriat från ett av McLeachs fällor ett desperat hjälpanrop till Rädda och Stöd-sällskapet i New York, som sätter sina toppagenter, fröken Bianca och Bernard, på uppdraget. Med transport tillhandahållen av den fumliga albatrossen Wilbur anländer agenterna till Australien och länkar upp med RAS lokala fältoperatör, Jake kängururåttan. Tillsammans måste trioen tävla mot tiden för att hitta Cody, stoppa McLeach och rädda Marahute.

I Gotham City har Riddler hemlig information om den topphemliga Task Force X som han hotar att göra offentlig, men innan Amanda Waller hinner låta döda honom fångas han av Batman. Med Riddler nu inspärrad på Arkham Asylum sammanför Amanda Waller åter Suicide Squad av fångade superskurkar med uppdraget att infiltrera den rättspsykiatriska anstalten för att hämta Riddlers information. Ledda av Deadshot tar sig detta hemliga specialteam in i anstalten, bara för att möta komplikationer både inifrån och utifrån teamet med hemliga agendor och dubbelkorsningar överallt. Samtidigt har Batman sina egna bekymmer med en brådskande jakt på Jokerns dödliga bomb som hotar Gotham City. Så småningom konvergerar alla dessa aktörer på Arkham Asylum för en slutstrid som få kommer att överleva.

Medan han försöker avslöja Jokerns hemligheter upptäcker Terry McGinnis, den nya Batman, den största gåtan i den ursprungliga Batmans karriär - den sanna historien om natten då Batman kämpade mot Jokern för sista gången. Men när Bruce Wayne nästan dödas i ett av Jokerns nya angrepp är det upp till Batman Beyond att hämnas sin mentor och få slut på Jokern för alltid.