Batman har inte setts på tio år. En ny sorts brottsling härjar i Gotham City, vilket tvingar den 55-årige Bruce Wayne tillbaka till manteln och huvan. Men har han fortfarande det som krävs för att bekämpa brottslighet i en ny era?

Efter en tioårig frånvaro har Mörkrets riddare återvänt till Gotham för att bekämpa mutanthotet. Efter att ha besegrat mutanterna har han tagit kontroll över en gäng lojal mot honom för att göra Gotham till en säkrare plats. Men Jokern har beslutat att sätta stopp för detta och kämpar mot Batman i en dödlig duell. Under tiden beordras Stålmannen att stoppa Mörkrets riddare eftersom regeringen anser att hans metoder är felaktiga. Medan Batman bekämpar Jokern förbereder sig Stålmannen för sin största strid.

På en asteroid ligger den terranska federationens Fort Casey ovanpå ett insektsbo. Starskeppet Alesia börjar landsätta sina trupper för att inta och kontrollera hangaren och rädda eventuella överlevande. "Alpha"-teamet landade utan större motstånd från insekterna, och efter att de mött upp med vad som finns kvar av Fort Caseys soldater, beslutade LTA Daugherty sedan att hålla ställningarna tills John A. Warden evakuerar medan Alesia står redo för omedelbar evakuering.

Gymnasieeleven Ling Xiaoyu rekryteras av Anna Williams från G Corporation för att byta till Kyoto University och samla information om en student vid namn Shin Kamiya. Samtidigt skickar Jin Kazama, nuvarande chef för Mishima Zaibatsu, Alisa Bosconovitch till universitetet med samma uppdrag. Även om de inte känner till varandras verkliga motiv blir Xiaoyu och Alisa nära vänner. Deras vänskap sätts dock på prov när Shin fångas av en okänd angripare.

Batman upptäcker en mystisk tonårig flicka med övermänskliga krafter och en koppling till Superman. När flickan uppmärksammas av Darkseid, den onda härskaren över Apokolips, tar händelserna en avgjort farlig vändning.

När Lex Luthor blir vald till USA:s president använder han hotet om en kommande kryptonitmeteor som ska träffa jorden som ett skäl för att sätta dit Stålmannen.

Gotham City terroriseras inte bara av de nyligen rymda Jokern och Pingvinen, utan också av den ursprungliga nattskepnaden, Dracula! Kan Batman stoppa den hänsynslösa vampyren innan han förvandlar alla i staden, inklusive den kapförsedde korsriddaren, Jokern och Pingvinen, till sina tanklösa undersåtar?

I en värld förstörd i ett krig mellan människa och maskin vaknar en handstyrd docka med siffran 9 skriven på ryggen till liv. Världen han har vaknat upp i är skrämmande, men han lär sig snart att han inte är ensam och att det finns andra som han, också med en ensiffrig siffra på ryggen. Den första han möter är 2 som berättar något om vad som hände med världen. 2 är också hänförd över skivan som 9 bär med sig, en med tre unika symboler på framsidan. 9 lär sig snart att skivan och några av de andra dockorna som är beredda att dö för mänsklighetens bästa kan vara det sista hoppet för människans frälsning.

Två år efter händelserna i "Final Fantasy VII" sprider sig en sjukdom kallad 'Seikon-Shoukougun', eller 'Geostigma', över planeten. Sjukdomen tros orsakas av kroppens kamp mot främmande material som invaderade den för två år sedan, vid slutet av "Final Fantasy VII". Skuldtyngd och förföljd av sitt förflutna har den före detta SOLDIERN Cloud Strife valt att leva ett tillbakadraget, ensamt liv borta från sina vänner, samtidigt som han driver "Strife's Delivery Service", vars huvudkontor ligger i Tifa Lockhearts bar, Seventh Heaven. Tifas bar fungerar som ett barnhem för barn som drabbats av Geostigma. Här håller Tifa ett öga på Barretts sexåriga dotter, Marlene, medan Barret söker över planeten efter en alternativ energikälla till planetens energi, Mako. En dag får Cloud ett telefonsamtal från den före detta Shinra, Inc.-presidenten, Rufus, som ber om skydd mot en mystisk man vid namn Kadaj. Kadaj, samtidigt som sina bröder Loz och Yazoo, letar efter sin "mor", och verkar tro att Cloud vet var de kan hitta henne. Under tiden har Vincent Valentine vandrat över planeten och samlat information om Kadajs planer, och Cloud och hans vänner måste återigen enas för att bekämpa dessa nya fiender.

Medan han försöker avslöja Jokerns hemligheter upptäcker Terry McGinnis, den nya Batman, den största gåtan i den ursprungliga Batmans karriär - den sanna historien om natten då Batman kämpade mot Jokern för sista gången. Men när Bruce Wayne nästan dödas i ett av Jokerns nya angrepp är det upp till Batman Beyond att hämnas sin mentor och få slut på Jokern för alltid.

Det här är historien om en nioårig pojke vid namn Hogarth Hughes som blir vän med en oskyldig jätteutomjordisk robot som kommit från yttre rymden. Samtidigt anländer en paranoid amerikansk statstjänsteman vid namn Kent Mansley till staden, fast besluten att förgöra jätten till varje pris. Det är upp till Hogarth att skydda honom genom att gömma honom på Dean McCoppins skrotupplag.