2977: I många år har ett mäktigt slag rasat över galaxerna medan 500 miljarder människor, vars förfäder förvisades från Jorden, planerar att återvända till det som fortfarande kallas hem. Tvingade att fly från en ödelagd Jord har människorna nu uttömt de galaxvrår de flydde till. Jorden har nu blivit den mest värderade och dyrbara resursen av alla, kontrollerad av den korrupta Gaia-koalitionen som styr mänskligheten över de olika galaxerna. Efter att ha förvisats och förlöjligats under Hemkomstkriget är kapten Harlock och hans pålitliga besättning på slagkryssaren Arcadia mänsklighetens enda hopp om att avslöja de hemligheter som Gaia har dolt. Koalitionen har krävt Harlocks död och Gaia-flottans nya ledare, Ezra, uppmanar sin yngre bror, Logan, att infiltrera Arcadia och sedan mörda Harlock, och så för alltid utplåna den man som står mellan koalitionen och deras totala kontroll över universum. Logan måste göra ett mycket personligt offer och upptäcka att saker inte alltid är som de verkar. Under tiden kommer kapten Harlock och hans besättning att fortsätta sitt uppdrag, söka hämnd mot koalitionen och etablera återvändandet till Jorden.

Två år efter händelserna i "Final Fantasy VII" sprider sig en sjukdom kallad 'Seikon-Shoukougun', eller 'Geostigma', över planeten. Sjukdomen tros orsakas av kroppens kamp mot främmande material som invaderade den för två år sedan, vid slutet av "Final Fantasy VII". Skuldtyngd och förföljd av sitt förflutna har den före detta SOLDIERN Cloud Strife valt att leva ett tillbakadraget, ensamt liv borta från sina vänner, samtidigt som han driver "Strife's Delivery Service", vars huvudkontor ligger i Tifa Lockhearts bar, Seventh Heaven. Tifas bar fungerar som ett barnhem för barn som drabbats av Geostigma. Här håller Tifa ett öga på Barretts sexåriga dotter, Marlene, medan Barret söker över planeten efter en alternativ energikälla till planetens energi, Mako. En dag får Cloud ett telefonsamtal från den före detta Shinra, Inc.-presidenten, Rufus, som ber om skydd mot en mystisk man vid namn Kadaj. Kadaj, samtidigt som sina bröder Loz och Yazoo, letar efter sin "mor", och verkar tro att Cloud vet var de kan hitta henne. Under tiden har Vincent Valentine vandrat över planeten och samlat information om Kadajs planer, och Cloud och hans vänner måste återigen enas för att bekämpa dessa nya fiender.