En infiltratörspolis i en inte alltför avlägsen framtid blir inblandad i ett farligt nytt drogmissbruk och börjar förlora sin egen identitet som en följd.

Medan han försöker avslöja Jokerns hemligheter upptäcker Terry McGinnis, den nya Batman, den största gåtan i den ursprungliga Batmans karriär - den sanna historien om natten då Batman kämpade mot Jokern för sista gången. Men när Bruce Wayne nästan dödas i ett av Jokerns nya angrepp är det upp till Batman Beyond att hämnas sin mentor och få slut på Jokern för alltid.

När Mr. Freeze, desperat för att rädda sin döende fru, kidnappar Barbara Gordon (Batgirl) som en ofrivillig organdonator, måste Batman och Robin hitta henne innan operationen kan börja.