Cody, en pojke från Mugwomp Flats, svarar på ett nödanrop om en fångad jättelik kungsörn som heter Marahute. Genom att befria henne får han ett nära vänskap med fågeln. Men Cody blir snart kidnappad av den mordiska tjuvjägaren Percival McLeach, som är ute efter fågeln som tillhör en högt utrotningshotad art och därför är ett extremt lönsamt byte. I panik skickar en mus som Cody befriat från ett av McLeachs fällor ett desperat hjälpanrop till Rädda och Stöd-sällskapet i New York, som sätter sina toppagenter, fröken Bianca och Bernard, på uppdraget. Med transport tillhandahållen av den fumliga albatrossen Wilbur anländer agenterna till Australien och länkar upp med RAS lokala fältoperatör, Jake kängururåttan. Tillsammans måste trioen tävla mot tiden för att hitta Cody, stoppa McLeach och rädda Marahute.

En infiltratörspolis i en inte alltför avlägsen framtid blir inblandad i ett farligt nytt drogmissbruk och börjar förlora sin egen identitet som en följd.

Medan han försöker avslöja Jokerns hemligheter upptäcker Terry McGinnis, den nya Batman, den största gåtan i den ursprungliga Batmans karriär - den sanna historien om natten då Batman kämpade mot Jokern för sista gången. Men när Bruce Wayne nästan dödas i ett av Jokerns nya angrepp är det upp till Batman Beyond att hämnas sin mentor och få slut på Jokern för alltid.

En popsångerska ger upp sin karriär för att bli skådespelerska, men hon blir långsamt galen när hon börjar förföljas av en besatt fan och vad som verkar vara ett spöke från hennes förflutna.

När Mr. Freeze, desperat för att rädda sin döende fru, kidnappar Barbara Gordon (Batgirl) som en ofrivillig organdonator, måste Batman och Robin hitta henne innan operationen kan börja.