2977: I många år har ett mäktigt slag rasat över galaxerna medan 500 miljarder människor, vars förfäder förvisades från Jorden, planerar att återvända till det som fortfarande kallas hem. Tvingade att fly från en ödelagd Jord har människorna nu uttömt de galaxvrår de flydde till. Jorden har nu blivit den mest värderade och dyrbara resursen av alla, kontrollerad av den korrupta Gaia-koalitionen som styr mänskligheten över de olika galaxerna. Efter att ha förvisats och förlöjligats under Hemkomstkriget är kapten Harlock och hans pålitliga besättning på slagkryssaren Arcadia mänsklighetens enda hopp om att avslöja de hemligheter som Gaia har dolt. Koalitionen har krävt Harlocks död och Gaia-flottans nya ledare, Ezra, uppmanar sin yngre bror, Logan, att infiltrera Arcadia och sedan mörda Harlock, och så för alltid utplåna den man som står mellan koalitionen och deras totala kontroll över universum. Logan måste göra ett mycket personligt offer och upptäcka att saker inte alltid är som de verkar. Under tiden kommer kapten Harlock och hans besättning att fortsätta sitt uppdrag, söka hämnd mot koalitionen och etablera återvändandet till Jorden.

En åldrande, arbetslös skådespelerska accepterar ett sista jobb, men konsekvenserna av hennes beslut påverkar henne på sätt hon inte hade förutsett.