Medan han försöker avslöja Jokerns hemligheter upptäcker Terry McGinnis, den nya Batman, den största gåtan i den ursprungliga Batmans karriär - den sanna historien om natten då Batman kämpade mot Jokern för sista gången. Men när Bruce Wayne nästan dödas i ett av Jokerns nya angrepp är det upp till Batman Beyond att hämnas sin mentor och få slut på Jokern för alltid.

Det här är historien om en nioårig pojke vid namn Hogarth Hughes som blir vän med en oskyldig jätteutomjordisk robot som kommit från yttre rymden. Samtidigt anländer en paranoid amerikansk statstjänsteman vid namn Kent Mansley till staden, fast besluten att förgöra jätten till varje pris. Det är upp till Hogarth att skydda honom genom att gömma honom på Dean McCoppins skrotupplag.