Gymnasievännerna Yuu och Haru reser mellan den verkliga världen och ett parallellt fantasiumiversum för att hjälpa sin vän Kotona, vars liv är i fara.

Det har gått några år sedan Shinobikrigets slut. Naruto Uzumaki är Konohagakures sjunde Hokage i denna nya era. Hans son, Boruto Uzumaki, ska snart delta i Chûnin-examen tillsammans med Sarada Uchiha och den mystiske Mitsuki.