Gymnasievännerna Yuu och Haru reser mellan den verkliga världen och ett parallellt fantasiumiversum för att hjälpa sin vän Kotona, vars liv är i fara.

Det har gått några år sedan Shinobikrigets slut. Naruto Uzumaki är Konohagakures sjunde Hokage i denna nya era. Hans son, Boruto Uzumaki, ska snart delta i Chûnin-examen tillsammans med Sarada Uchiha och den mystiske Mitsuki.

Anna, en blyg 12-årig flicka, skickas för att tillbringa tid med sin moster och morbror som bor på landet, där hon träffar Marnie. De två blir bästa vänner. Men Anna upptäcker gradvis att Marnie inte riktigt är den hon verkar vara.