Tre år efter försvinnandet av två procent av världens befolkning försöker en grupp människor i ett litet samhälle i New York fortsätta sina liv medan de hanterar tragedin i händelsens oförklarade natur.

Ichabod Crane återuppväcks och dras två och ett halvt sekel genom tiden för att reda ut ett mysterium som sträcker sig hela vägen tillbaka till grundarfäderna.

En nyligen frigiven fånge vid namn Shadow möter en mystisk man som kallar sig "Wednesday" och som vet mer än det först verkar om Shadows liv och förflutna.