Två bröder söker efter en visares sten efter att ett försök att återuppliva sin avlidna mor går snett och lämnar dem i skadade fysiska former.

När Lady Tremaine stjäl den goda feens trollstav och förändrar historien är det upp till Askungen och hennes mössvänner att återställa tidslinjen och återta sin prins.

När Coraline flyttar till ett gammalt hus känner hon sig uttråkad och försummad av sina föräldrar. Hon hittar en dold dörr med en igenmurad passage. Under natten korsar hon passagen och hittar en parallell värld där alla har knappar istället för ögon, med omtänksamma föräldrar och alla hennes drömmar går i uppfyllelse. När den Andra Modern bjuder in Coraline att stanna i hennes värld för alltid vägrar flickan och upptäcker att den alternativa verkligheten där hon är fångad bara är ett trick för att locka henne.

En föräldralös pojke som bor med sina två grymma mostrar blir vän med antropomorfa insekter som bor inuti en jättepersika, och tillsammans ger de sig ut på en resa till New York.

The Beatles går med på att följa med kapten Fred i hans gula ubåt och åker till Pepperland för att befria det från de musikhatande Blå Elakheterna.

När Askungons grymma styvmor hindrar henne från att gå på kungabalen får hon oväntad hjälp av de älskvärda mössen Gus och Jaq, och av sin goda fe.