Det har gått några år sedan Shinobikrigets slut. Naruto Uzumaki är Konohagakures sjunde Hokage i denna nya era. Hans son, Boruto Uzumaki, ska snart delta i Chûnin-examen tillsammans med Sarada Uchiha och den mystiske Mitsuki.

Medan han skyddar sin by från en vildsint vildsvinsgud/demon drabbas den självsäkra unge krigaren Ashitaka av en dödlig förbannelse. För att rädda sitt liv måste han resa till västernas skogar. Där blir han indragen i ett hätskt krig som människor för mot skogen. Den ambitiösa Lady Eboshi och hennes lojala klan använder sina gevär mot skogens gudar och en modig ung kvinna, prinsessan Mononoke, som uppfostrats av en varggud. Ashitaka ser det goda i båda sidor och försöker hejda blodbadet. Detta möts av fientlighet från båda håll eftersom de ser honom som en som stödjer fienden.