Kevin McCallisters föräldrar har separerat. Nu när han bor hos sin mamma bestämmer han sig för att tillbringa julen med sin pappa på herrgården som tillhör hans pappas rika flickvän, Natalie. Samtidigt går inbrottstjuven Marv Merchants, en av skurkarna från de två första filmerna, samman med en ny brottsling vid namn Vera för att göra inbrott på Natalies herrgård.

Medan han försöker avslöja Jokerns hemligheter upptäcker Terry McGinnis, den nya Batman, den största gåtan i den ursprungliga Batmans karriär - den sanna historien om natten då Batman kämpade mot Jokern för sista gången. Men när Bruce Wayne nästan dödas i ett av Jokerns nya angrepp är det upp till Batman Beyond att hämnas sin mentor och få slut på Jokern för alltid.

När Mr. Freeze, desperat för att rädda sin döende fru, kidnappar Barbara Gordon (Batgirl) som en ofrivillig organdonator, måste Batman och Robin hitta henne innan operationen kan börja.

Forskare håller superintelligenta talande bebisar fångna, men det tar en oväntad vändning när en förväxling uppstår mellan ett babygeni och dess tvilling.