När en diskrediterad seismolog från Los Angeles varnar för ett förestående jordskalv på 12,7, tar ingen henne på allvar. Nu, helt på egen hand, kämpar hon desperat för att få sin familj i säkerhet innan jordbävningen sliter Los Angeles från fastlandet.

År 2027, ett år efter slutet av den icke-nukleära fjärde världskriget, har en bomb detonerat i Newport City och dödat en stor vapenhandlare som kan ha kopplingar till den mystiska 501-organisationen. Säkerhetstjänstmannen Daisuke Aramaki anlitar den helprotesförsedda hackern Motoko Kusanagi för att utreda fallet.

När en miljökatastrof orsakad av fracking sliter sönder jordskorpan släpper det uppkomna hålet ut förhistoriska hajar från underjorden. Hajarna riktar in sig på en grupp kvinnor och fångar in dem i en stuga.