År 2027, ett år efter slutet av den icke-nukleära fjärde världskriget, har en bomb detonerat i Newport City och dödat en stor vapenhandlare som kan ha kopplingar till den mystiska 501-organisationen. Säkerhetstjänstmannen Daisuke Aramaki anlitar den helprotesförsedda hackern Motoko Kusanagi för att utreda fallet.

På en asteroid ligger den terranska federationens Fort Casey ovanpå ett insektsbo. Starskeppet Alesia börjar landsätta sina trupper för att inta och kontrollera hangaren och rädda eventuella överlevande. "Alpha"-teamet landade utan större motstånd från insekterna, och efter att de mött upp med vad som finns kvar av Fort Caseys soldater, beslutade LTA Daugherty sedan att hålla ställningarna tills John A. Warden evakuerar medan Alesia står redo för omedelbar evakuering.

Gymnasieeleven Ling Xiaoyu rekryteras av Anna Williams från G Corporation för att byta till Kyoto University och samla information om en student vid namn Shin Kamiya. Samtidigt skickar Jin Kazama, nuvarande chef för Mishima Zaibatsu, Alisa Bosconovitch till universitetet med samma uppdrag. Även om de inte känner till varandras verkliga motiv blir Xiaoyu och Alisa nära vänner. Deras vänskap sätts dock på prov när Shin fångas av en okänd angripare.