År 2027, ett år efter slutet av den icke-nukleära fjärde världskriget, har en bomb detonerat i Newport City och dödat en stor vapenhandlare som kan ha kopplingar till den mystiska 501-organisationen. Säkerhetstjänstmannen Daisuke Aramaki anlitar den helprotesförsedda hackern Motoko Kusanagi för att utreda fallet.

2977: I många år har ett mäktigt slag rasat över galaxerna medan 500 miljarder människor, vars förfäder förvisades från Jorden, planerar att återvända till det som fortfarande kallas hem. Tvingade att fly från en ödelagd Jord har människorna nu uttömt de galaxvrår de flydde till. Jorden har nu blivit den mest värderade och dyrbara resursen av alla, kontrollerad av den korrupta Gaia-koalitionen som styr mänskligheten över de olika galaxerna. Efter att ha förvisats och förlöjligats under Hemkomstkriget är kapten Harlock och hans pålitliga besättning på slagkryssaren Arcadia mänsklighetens enda hopp om att avslöja de hemligheter som Gaia har dolt. Koalitionen har krävt Harlocks död och Gaia-flottans nya ledare, Ezra, uppmanar sin yngre bror, Logan, att infiltrera Arcadia och sedan mörda Harlock, och så för alltid utplåna den man som står mellan koalitionen och deras totala kontroll över universum. Logan måste göra ett mycket personligt offer och upptäcka att saker inte alltid är som de verkar. Under tiden kommer kapten Harlock och hans besättning att fortsätta sitt uppdrag, söka hämnd mot koalitionen och etablera återvändandet till Jorden.

På en asteroid ligger den terranska federationens Fort Casey ovanpå ett insektsbo. Starskeppet Alesia börjar landsätta sina trupper för att inta och kontrollera hangaren och rädda eventuella överlevande. "Alpha"-teamet landade utan större motstånd från insekterna, och efter att de mött upp med vad som finns kvar av Fort Caseys soldater, beslutade LTA Daugherty sedan att hålla ställningarna tills John A. Warden evakuerar medan Alesia står redo för omedelbar evakuering.

Gymnasieeleven Ling Xiaoyu rekryteras av Anna Williams från G Corporation för att byta till Kyoto University och samla information om en student vid namn Shin Kamiya. Samtidigt skickar Jin Kazama, nuvarande chef för Mishima Zaibatsu, Alisa Bosconovitch till universitetet med samma uppdrag. Även om de inte känner till varandras verkliga motiv blir Xiaoyu och Alisa nära vänner. Deras vänskap sätts dock på prov när Shin fångas av en okänd angripare.