År 2027, ett år efter slutet av den icke-nukleära fjärde världskriget, har en bomb detonerat i Newport City och dödat en stor vapenhandlare som kan ha kopplingar till den mystiska 501-organisationen. Säkerhetstjänstmannen Daisuke Aramaki anlitar den helprotesförsedda hackern Motoko Kusanagi för att utreda fallet.

Förbundna av ett delat öde ger sig en tonåring brinnande av vetenskaplig nyfikenhet och en före detta pojkgeniuppfinnare ut på ett uppdrag för att avslöja hemligheterna med en plats någonstans i tid och rum som existerar i deras kollektiva minne.