En ung man i en personlig kris flyr från USA till Italien, där han tänder en romans med en kvinna som bär på en mörk, uråldrig hemlighet.

I Origins börjar när doktoranden Ian Gray forskar om människans ögons utveckling tillsammans med Karen och Kenny, för att bevisa att ögon har utvecklats istället för att ha "uppstått" som kreationister hävdar. Hans fascination för ögon leder honom in i områden som får djupa personliga och kulturella konsekvenser.

Efter Förödelsen bildas en färglös egalitär samhällsordning utan minnen, där alla följer de regler som är fastställda av Huvudäldsten och Äldsterådet. Befolkningen använder droger för att förbli lyckliga, och på examensdagen lämnar tonåringarna sin barndom bakom sig och tilldelas en karriär som valts ut av Äldsterådet. Jonas bor med sina föräldrar och har två bästa vänner, Fiona och Asher, och han känner sig annorlunda jämfört med sina vänner. Han utses till Minnesmottagaren och tränas av sin mentor, Minnesförmedlaren, som ger honom minnen från världen före Förödelsen. Jonas lär sig känslor som kärlek och rädsla samt begreppet familj. När han upptäcker att spädbarnet Gabriel, som han älskar som en bror, kommer att elimineras, bestämmer han sig för att förändra sitt samhälle, men Huvudäldsten är beredd att göra vad som helst för att stoppa honom.