Ett par adopterar ett föräldralöst barn vars drömmar - och mardrömmar - manifesteras fysiskt medan han sover.

När Jacob upptäcker ledtrådar till ett mysterium som sträcker sig över tid, hittar han Fröken Peregrines hem för besynnerliga barn. Men faran ökar efter att han lärt känna invånarna och fått veta om deras speciella krafter.