I hopp om att undkomma förstörelse av mänskliga utvecklare och rädda sitt samhälle söker en koloni kaniner, ledda av Hazel och Fiver, efter en säker plats att grunda en ny gryt.

När Jacob upptäcker ledtrådar till ett mysterium som sträcker sig över tid, hittar han Fröken Peregrines hem för besynnerliga barn. Men faran ökar efter att han lärt känna invånarna och fått veta om deras speciella krafter.