Året är 2016. Platsen är New Port City. Tankpolisen för fortfarande en desperat kamp mot brottsligheten, och deras taktik är fortfarande högst tvivelaktig. Borgmästare Weatherby försöker få igenom ett förbud mot vissa vapen i staden, vilket gör henne till ett mål för Dai Nippon Geiken Corporation, som nu tillverkar mobila vapensystem som till och med Tankpolisen kanske inte kan stoppa. Dai Nippon Geiken är också inblandade i mordet på Leona Ozakis före detta partner, Charon Ishira, vilket gör striden extra personlig för Tankpolisens främsta officer, som inte kommer att stanna för något för att hämnas sin partner. Men kan hon betala det höga pris som hämnden kräver?

Akira, en lärare från Tokyo, har precis anlänt till en liten landsortstad för att börja sitt nya jobb. Kort efter ankomsten träffar han Miki, en pappersmakare och del av en stor och ovanlig familj, och börjar förälska sig i henne. När han får höra en urgammal legend om att familjen bär på förbannelsen från Inugami, hundguden, avfärdar han det som tramsig vidskepelse. Men efter en rad mystiska dödsfall börjar stadens invånare bli oroliga, och Akira måste konfrontera sanningen om Miki och hennes familj.

Två år efter händelserna i "Final Fantasy VII" sprider sig en sjukdom kallad 'Seikon-Shoukougun', eller 'Geostigma', över planeten. Sjukdomen tros orsakas av kroppens kamp mot främmande material som invaderade den för två år sedan, vid slutet av "Final Fantasy VII". Skuldtyngd och förföljd av sitt förflutna har den före detta SOLDIERN Cloud Strife valt att leva ett tillbakadraget, ensamt liv borta från sina vänner, samtidigt som han driver "Strife's Delivery Service", vars huvudkontor ligger i Tifa Lockhearts bar, Seventh Heaven. Tifas bar fungerar som ett barnhem för barn som drabbats av Geostigma. Här håller Tifa ett öga på Barretts sexåriga dotter, Marlene, medan Barret söker över planeten efter en alternativ energikälla till planetens energi, Mako. En dag får Cloud ett telefonsamtal från den före detta Shinra, Inc.-presidenten, Rufus, som ber om skydd mot en mystisk man vid namn Kadaj. Kadaj, samtidigt som sina bröder Loz och Yazoo, letar efter sin "mor", och verkar tro att Cloud vet var de kan hitta henne. Under tiden har Vincent Valentine vandrat över planeten och samlat information om Kadajs planer, och Cloud och hans vänner måste återigen enas för att bekämpa dessa nya fiender.

En veteran samuraj, som har fallit på svåra tider, svarar på en bys begäran om skydd mot banditer. Han samlar 6 andra samurajer för att hjälpa honom, och de lär byborna att försvara sig själva, och de förser samurajerna med tre små mål mat om dagen. Filmen kulminerar i ett gigantiskt slag när 40 banditer anfaller byn.