Den här filmen utspelar sig år 2093 och äger rum i samma universum som 'Alien'-filmerna. En grupp upptäcktsresande, inklusive några arkeologer, är på ett "hemligt" uppdrag. De anländer till en måne biljontals mil från jorden. Gruppen upptäcker vad de tror är tecken på civilisation. De går för att undersöka och hittar mer än bara tecken – de hittar övertygande bevis. Men några av dem har en bakomliggande agenda med att vara där, inklusive Weyland Corporation. De tror att det är här mänskligheten faktiskt kommer ifrån. Inne i deras upptäckt vänder snart allt från spänning till ren överlevnad.

Händelserna i den här filmen utspelar sig ungefär samtidigt som händelserna i The Bourne Ultimatum (2007). När en brittisk reporter skrev en avslöjande artikel om Black Ops-operationerna Treadstone och Black Briar, blir de ansvariga oroliga. Och när Jason Bourne, före detta Treadstone-agent, fick filen om Treadstone och Black Briar och gav den till Pamela Landy som sedan skickade den vidare till media. När männen bakom Treadstone och Black Briar får reda på detta, är de oroliga för hur detta kommer att påverka andra operationer de har. De beslutar att det är bäst att stänga ner alla operationer och se till att alla inblandade försvinner. De försöker eliminera Aaron Cross som är en del av en annan operation som heter Outcome, men han lyckas överleva. Han söker sedan upp Dr. Marta Shearing som arbetade med honom när han började. Det verkar som en del av programmet är att alla försökspersoner ska ta mediciner, men hans har tagit slut, vilket är anledningen till att han söker upp henne. Men någon försöker döda henne. Han räddar henne och hon berättar för honom att han borde ha slutat ta medicinerna för länge sedan. De åker till Manila så att hon kan hjälpa honom. Senare får männen bakom Outcome reda på att Cross och Shearing fortfarande lever. De försöker få tag på dem.