Alexandria, 391 e.Kr.: Hypatia undervisar i astronomi, matematik och filosofi. Hennes elev Orestes är förälskad i henne, liksom Davus, hennes personliga slav. När stadens kristna, ledda av Ammonius och Kyrillos, vinner politisk makt kan lärosätena rasa samman likaväl som slaveriets styre. Hoppa fram 20 år: Orestes, stadens prefekt, har en osäker fred med de kristna, ledda av Kyrillos. En grupp från de nytt mäktiga kristna har nu börjat verkställa sin kulturella hegemoni med nit; först ser de judarna som sitt hinder, sedan icke-troende. Hypatia har inget intresse för tro; hon är upptagen av himlakropparnas rörelser och "allas broderskap". Fast hennes före detta slav ser det inte på det viset.