Det har gått några år sedan Shinobikrigets slut. Naruto Uzumaki är Konohagakures sjunde Hokage i denna nya era. Hans son, Boruto Uzumaki, ska snart delta i Chûnin-examen tillsammans med Sarada Uchiha och den mystiske Mitsuki.

En fredlig dag på jorden anländer två rester av Freezas armé vid namn Sorube och Tagoma för att söka efter Dragon Balls med målet att återuppliva Freeza. De lyckas, och Freeza söker sedan hämnd på Saiya-jinerna.

Minionerna Stuart, Kevin och Bob rekryteras av Scarlet Overkill, en superskurk som tillsammans med sin uppfinnarhustru Herb smider en plan för att ta över världen.

Förbundna av ett delat öde ger sig en tonåring brinnande av vetenskaplig nyfikenhet och en före detta pojkgeniuppfinnare ut på ett uppdrag för att avslöja hemligheterna med en plats någonstans i tid och rum som existerar i deras kollektiva minne.