År 2027, ett år efter slutet av den icke-nukleära fjärde världskriget, har en bomb detonerat i Newport City och dödat en stor vapenhandlare som kan ha kopplingar till den mystiska 501-organisationen. Säkerhetstjänstmannen Daisuke Aramaki anlitar den helprotesförsedda hackern Motoko Kusanagi för att utreda fallet.

Damian Wayne har svårt att hantera sin fars "inte döda"-regel. Samtidigt genomgår Gotham svårigheter med hot, som den sinnessjuke leksakstillverkaren och den hemlighetsfulla Ugglarnas domstol.