År 1999 förstördes kärnkraftverket i Janjira på mysteriöst vis och de flesta ombord omkom, inklusive Joe Brodys kollega och hustru Sandra. År senare måste Joes son Ford, som är ammunitionsofficer i USA:s flotta, resa till Japan för att hjälpa sin frånvarande far som tvångsmässigt söker sanningen om händelsen. Under resans gång upptäcker far och son katastrofens hemliga orsak på vrakgrunden. Detta låter dem bevittna hur ett fruktansvärt hot mot hela mänskligheten vaknar till liv igen, ett hot som förvärras ytterligare av en andra hemlig återuppståndelse på annat håll. Inför denna katastrof kan världens enda hopp vara Godzilla, men utmaningen för Monsterkungen kommer att vara stor, även när mänskligheten kämpar för att förstå den destruktiva allierade de fått.