I Origins börjar när doktoranden Ian Gray forskar om människans ögons utveckling tillsammans med Karen och Kenny, för att bevisa att ögon har utvecklats istället för att ha "uppstått" som kreationister hävdar. Hans fascination för ögon leder honom in i områden som får djupa personliga och kulturella konsekvenser.

Medan andra världskriget rasar fortsätter är de allierade på väg att driva ut nazisterna från Nordafrika. Det är då nazisterna ökar trycket och släpper lös sitt hemliga vapen: DRACKOR!!! De allierade förlorar snabbt mark till de uråldriga monstren och är nära utplåning när de allierade sammanför en grupp specialutbildade stridspiloter, tränade för att bekämpa ett odjur som alla trodde var en myt.

Följer det turbulenta förhållandet mellan Cole och Maya när de kämpar för att överleva i en värld där mänskligheten har decimerats av ett utomjordiskt angrepp.

År 1999 förstördes kärnkraftverket i Janjira på mysteriöst vis och de flesta ombord omkom, inklusive Joe Brodys kollega och hustru Sandra. År senare måste Joes son Ford, som är ammunitionsofficer i USA:s flotta, resa till Japan för att hjälpa sin frånvarande far som tvångsmässigt söker sanningen om händelsen. Under resans gång upptäcker far och son katastrofens hemliga orsak på vrakgrunden. Detta låter dem bevittna hur ett fruktansvärt hot mot hela mänskligheten vaknar till liv igen, ett hot som förvärras ytterligare av en andra hemlig återuppståndelse på annat håll. Inför denna katastrof kan världens enda hopp vara Godzilla, men utmaningen för Monsterkungen kommer att vara stor, även när mänskligheten kämpar för att förstå den destruktiva allierade de fått.