I Origins börjar när doktoranden Ian Gray forskar om människans ögons utveckling tillsammans med Karen och Kenny, för att bevisa att ögon har utvecklats istället för att ha "uppstått" som kreationister hävdar. Hans fascination för ögon leder honom in i områden som får djupa personliga och kulturella konsekvenser.

Följer det turbulenta förhållandet mellan Cole och Maya när de kämpar för att överleva i en värld där mänskligheten har decimerats av ett utomjordiskt angrepp.