Anna, en blyg 12-årig flicka, skickas för att tillbringa tid med sin moster och morbror som bor på landet, där hon träffar Marnie. De två blir bästa vänner. Men Anna upptäcker gradvis att Marnie inte riktigt är den hon verkar vara.

Kaguya är en vacker ung kvinna som eftertraktas av fem adelsmän. För att försöka undvika att gifta sig med en främling som hon inte älskar, skickar hon sina friare på till synes omöjliga uppdrag. Men hon kommer att få möta sitt öde och sitt straff för sina val.

Gymnasieeleven Ling Xiaoyu rekryteras av Anna Williams från G Corporation för att byta till Kyoto University och samla information om en student vid namn Shin Kamiya. Samtidigt skickar Jin Kazama, nuvarande chef för Mishima Zaibatsu, Alisa Bosconovitch till universitetet med samma uppdrag. Även om de inte känner till varandras verkliga motiv blir Xiaoyu och Alisa nära vänner. Deras vänskap sätts dock på prov när Shin fångas av en okänd angripare.

Special Agent Leon S. Kennedy går emot sina överordnades order och arbetar för att förstöra en serie biologiska vapen som används i en krigszon i Europa.

Två år efter händelserna i "Final Fantasy VII" sprider sig en sjukdom kallad 'Seikon-Shoukougun', eller 'Geostigma', över planeten. Sjukdomen tros orsakas av kroppens kamp mot främmande material som invaderade den för två år sedan, vid slutet av "Final Fantasy VII". Skuldtyngd och förföljd av sitt förflutna har den före detta SOLDIERN Cloud Strife valt att leva ett tillbakadraget, ensamt liv borta från sina vänner, samtidigt som han driver "Strife's Delivery Service", vars huvudkontor ligger i Tifa Lockhearts bar, Seventh Heaven. Tifas bar fungerar som ett barnhem för barn som drabbats av Geostigma. Här håller Tifa ett öga på Barretts sexåriga dotter, Marlene, medan Barret söker över planeten efter en alternativ energikälla till planetens energi, Mako. En dag får Cloud ett telefonsamtal från den före detta Shinra, Inc.-presidenten, Rufus, som ber om skydd mot en mystisk man vid namn Kadaj. Kadaj, samtidigt som sina bröder Loz och Yazoo, letar efter sin "mor", och verkar tro att Cloud vet var de kan hitta henne. Under tiden har Vincent Valentine vandrat över planeten och samlat information om Kadajs planer, och Cloud och hans vänner måste återigen enas för att bekämpa dessa nya fiender.

En popsångerska ger upp sin karriär för att bli skådespelerska, men hon blir långsamt galen när hon börjar förföljas av en besatt fan och vad som verkar vara ett spöke från hennes förflutna.

Medan han skyddar sin by från en vildsint vildsvinsgud/demon drabbas den självsäkra unge krigaren Ashitaka av en dödlig förbannelse. För att rädda sitt liv måste han resa till västernas skogar. Där blir han indragen i ett hätskt krig som människor för mot skogen. Den ambitiösa Lady Eboshi och hennes lojala klan använder sina gevär mot skogens gudar och en modig ung kvinna, prinsessan Mononoke, som uppfostrats av en varggud. Ashitaka ser det goda i båda sidor och försöker hejda blodbadet. Detta möts av fientlighet från båda håll eftersom de ser honom som en som stödjer fienden.